度过过渡期后，整合的最大困难来自于业务系统的整合。对于集团企业来说，整合业务系统有两个出路：一是规范各业务系统上报数据的格式和标准，各个业务系统按照规定格式和标准上报数据，总部只需对数据进行整合，并依此做出统计分析，最终为集团领导决策提供服务。这种方法的实施动作较小，人力物力投入也较少，可操作性比较强。第二个出路是从总部推进，或者以某个分公司为样本进行业务系统的整合实施，然后向其他分公司进行替换扩散，逐步形成全集团一套标准的业务系统。
对于实施兼并重组的企业来说，进行IT系统整合的首要任务是规范基础数据库。基础数据库包括人员信息、财务信息、核算规范、财务科目、业务基础数据库、客户信息、供应商信息等各种纷繁复杂信息。如果基础数据库没有第一步做好或者没做到位，必然导致后续环节的不顺畅，从而形成数据重复过多，无法共享的局面。
第二门必修课则是构建标准的信息交换平台。SOA提倡的面向服务整合的概念即与此方向一致。在这个阶段，并购企业的IT部门首先要解决用户认证、单点登录、浏览及业务系统的管理权限问题。在此基础上，IT部门为涉及到信息交换的业务部门在系统中设置信息交换机制，保证数据和信息的通讯流畅。
一般情况下，系统的用户认证、安全、同步及处理机制环节容易出现技术障碍，信息交换部分尤其如此。虽然帮助系统进行信息交换的消息中间件产品在国际市场已经出现，但其应用难度偏高，技术把握还不太成熟。因此在不同系统之间架设接口的方法成为目前很多企业最现实的解决之道。架设接口就像地下工作者通过暗号互相辨认一样，暗号对了信息就可传过来，不对的话就无法传递。
然而“暗号”方法的局限性在于，针对某一种业务系统可以很好地整合，但如果系统中新增加了业务流程，而暗号的扩展性不强的话，新增加流程便无法与既整合的系统兼容，会形成新的信息孤岛，因此还需要对接口标准进行二次开发。http://www.loveerp.com/
第三门必修课，也是难度最大的必修课在于整体系统的设计和架构。大多情况下，兼并重组的双方企业所旧有系统并不是来自同一家厂商。兼并重组后，并购企业的IT部门要跟不同厂商、不同编程语言和操作系统打交道，为了将不同的操作系统和编程语言拧成一根麻绳，企业制定的技术规范是否能得到各方的一致认可便成了技术之外的关键因素。因此，除兼并重组双方的沟通外，参与IT系统整合的咨询公司、各厂商之间的企业文化与合作态度都会影响到整合步伐。预先梳理好这些可能出现问题的环节，进行兼并重组的企业才能找到系统整合的出口，IT系统的整合也才会顺利推进企业兼并重组的进程。
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